Supongo que ya entiende el concepto de partición.

Ya tiene dividido el gran almacén en unidades independientes.

Ahora es necesario establecer lo que se llama un sistema de archivos. Imagine un parking, tiene el espacio asignado pero ahora tiene que idear un método para poner los coches en su sitio y poderlos localizar fácilmente, algo así es el formateo que lo que hace es establecer un sistema de archivos para la partición, es decir, se trata de establecer el mecanismo que se usará para organizar la información dentro de la partición.

Como no existe un sistema perfecto, se han inventado toda una variedad de métodos para este formateo y cada sistema usa el suyo. Por ejemplo, Windows usa un sistema de archivos que se llama NTFS, en cambio LINUX utiliza el sistema ext3 y el sistema swap (o de intercambio). En efecto, es tal como lo está pensando, LINUX utiliza como mínimo dos particiones una con el tipo ext3 y otra de intercambio, tipo swap. 

De modo que una vez hecha la partición, debe dar formato a esa partición de acuerdo con el sistema que la vaya a utilizar.